En México, en general, sí.
"Amigotes" son personas que te llevan a hacer cosas nocivas como fumar cuando normalmente no lo haces, emborracharse, hacer escándalo, meterse en peleas, actividades ilegales...
Se puede usar irónicamente para hablar de los simples amigos cercanos con quienes uno se divierte y la pasa bien. Sin embargo, creo que tiene que quedar claro que la palabra se usa en broma. No es gracioso usar la palabra "amigote" si la otra persona considera que la diversión sana que se vive con él se interpreta como mala influencia.
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