Some quick research indicates that the song was the title song of a film, which was itself an adaptation of a book. I've managed to turn up
http://socialesyvirtuales.web.unq.ed...o-no-te-rajes/ which explains in a footnote that
La obra de Aurelio Robles Castillo pertenece al subgénero de la novela cristera. ¡Ay Jalisco, no te rajes! era el grito de los guerrilleros cristeros ante los soldados del ejército federal. Durante el enfrentamiento armado se daban valor con esa frase que supone no acobardarse, acojonarse, dirían también los mexicanos, ante una situación dura y hacerle frente. Esa expresión es de la región del altiplano jalisciense. Octavio Paz en El laberinto de la soledad dice “…el ideal de la hombría consiste en no ‘rajarse’ nunca” (1998, p 10).
So in context it's an injunction to fight to the bitter end for the freedom to practise the Catholic faith.