Prófugo

Prófugo
 

Is this the most common term form a deserter (as in the military) or is
desertor the preferred term.

"Desertor" cuando se escapó del ejército, "tránsfuga" cuando se pasó al otro bando. "Prófugo" sólo se usa para fugitivos; un "prófugo" sólo lo puede ser de una autoridad general. El único "prófugo" que se relaciona con las fuerzas armadas es aquél que ha sido conscripto o llamado a prestar servicio y que se ha escondido para que no lo puedan incluir en la leva. Un soldado activo que se escapa del servicio es un "desertor" desde un punto de vista militar, incluyendo la justicia militar.

Concuerdo con todo, menos con lo del soldado que se esconde. Por lo menos en Chile los llamamos/se les llaman/llamaban "remisos".

Soldados remisos, reticentes a cumplir con su deber.

In Mexico it's also the way Alec said. :)

"Desertor" is a military person that leaves the Armed Forces without intention to return.

"Prófugo" is a criminal who is at large. "Prófugo de la justicia".

This is in Colombia.

"Desertor" is a person who abandons a cause or organization usually without right.
"Prófugo" is someone hard to find, capture, or isolate.
Sometimes deserter and fugitive are used as synonyms.